small but super: 微小却精准如箭,拥有撼动基因的力量-凯发k8网页登录
rna干扰(rna interference,rnai)技术,是把与内源mrna编码区同源的小片段(19~23bp)外源双链rna导入细胞中,通过一系列细胞内反应引发细胞中相应mrna的降解,从而导致特定基因表达沉默的一种技术。rnai技术的重要性得到了国际科学界的广泛认可,它在2001年被《science》杂志评为最重要的成果之一,在2002年《nature》杂志被评为年度重大科技成果之一,craig mello也因此获得了2006年诺贝尔生理学或医学奖。而sirna沉默,作为rnai应用的典范,已经广泛应用于基础科研和临床前研究中。它不仅有助于深入了解基因的功能和调控网络,还为疾病的诊断和治疗开辟了全新的路径。通过设计针对特定基因的sirna,研究人员能够模拟基因突变或缺失的表型,从而揭示基因在生理和病理过程中的作用,为遗传性疾病、癌症以及病毒感染等治疗策略提供了理论依据和凯发k8网页登录的技术支持。
sirna的应用
图源:https://www.cnki.net/
sirna设计与实验的成败息息相关,一个精心设计的sirna不仅能够高效地沉默目标基因,还能最大限度地减少脱靶效应,确保实验的可靠性和特异性。设计流程始于检索感兴趣的核苷酸序列,并了解各个片段的功能。靶序列通常被选择在一段mrna序列起始密码子下游第50~100个碱基后面。在设计sirna时往往会选择符合aa(n19)tt(n,任意碱基)的一段23bp的基序,再从中筛选g/c含量在30%~50%左右的序列。对于那些难以沉默的基因,可能需要采取更复杂的策略,比如设计更长的sirna或者采用sirna组合,以多角度攻击目标,提高沉默效率。整体而言,sirna设计是一个细致且动态的过程,需要根据具体实验目标和基因特性灵活调整,以期达成最佳的沉默效果。
图源:1002-1280(2005)11-0023-06
一旦设计并合成了高效的sirna,接下来的挑战便是将其有效地递送到目标细胞中,这一过程被称为转染。sirna转染是实验中至关重要的一步,其成功率直接影响到基因沉默的效果。注意事项如下:
一、转染注意事项
●选择与优化转染试剂:选择与目标细胞兼容性好的转染试剂是基础,而优化试剂用量则是提高转染效率的关键,这将直接影响转染效果和细胞生存状态
●控制细胞密度:在细胞处于对数生长期,且密度在70%时左右进行转染,可以最大化转染效率和细胞活力
●sirna与转染试剂的充分结合:制备sirna-转染试剂复合物时,需确保两者的充分混合形成稳定的复合体,这是提高转染效率的必要条件
●细胞与复合物的充分接触:加入sirna-转染试剂复合物后,可轻柔摇动培养皿使复合物均匀分布
●优化转染时间:转染时间需根据细胞特性和实验要求调整,适当的转染时间可以最大化沉默效果,避免细胞损伤
●避免使用抗生素:转染过程中应避免使用抗生素,以减少对细胞状态的干扰,保证转染效果的真实反映
●妥善保存转染试剂:在正确的条件下储存可以保持转染试剂的活性和稳定性,避免因保存不当导致的转染效率下降
二、评估sirna沉默效果
评估sirna沉默效果也是实验的关键环节,它不仅验证了sirna设计的有效性,也确保了后续实验结果的可靠性。可以从以下几个维度考虑:
① 核酸水平
●荧光定量pcr:通过荧光定量pcr技术,检测目的基因mrna的表达水平。若sirna成功沉默目标基因,mrna的转录量将会减少,从而在结果中表现为ct值的升高或相对表达量的下降。
② 蛋白水平
●western blotting:通过分离细胞总蛋白,使用特异性抗体进行杂交,然后通过化学发光或显色反应可视化目标蛋白的条带。如果sirna干扰效果明显,理论上目标蛋白的条带强度会减弱。然而,值得注意的是,wb结果主要反映蛋白水平的变化,而sirna的直接影响发生在mrna层面。因此,尽管我们可以确信sirna在mrna水平上的有效性,但其对蛋白水平的实际影响可能因多种生物调控机制而有所差异,包括但不限于翻译后修饰、蛋白稳定性调控等。这或许会造成在某些情况下,即便mrna水平显著下调,蛋白条带强度也可能保持不变或变化不明显。
●免疫组织化学/免疫细胞化学:在细胞或组织切片上进行,通过特异性抗体结合目标蛋白,再与荧光或酶标记的二抗反应,最后通过显微镜观察蛋白表达情况。
●标记蛋白间接检测:在目的基因前后连接标记蛋白(如绿色荧光蛋白egfp),通过检测标记蛋白的荧光强度间接反映目的基因的表达量。这种方法适用于表达量较低或难以获得特异性抗体的蛋白。
③ 动物实验或tcid50检测
●对于动物病毒,可在给动物攻毒后及时给予sirna,以动物死亡数作为干扰效果的指标;也可以将病毒进行细胞培养后,给予一定量的sirna,检测病毒的tcid50。
总的来说,sirna的应用范围涵盖了从基础科研到临床前研究的多个层面,为个性化医疗和靶向治疗策略奠定了坚实的科学基础。随着技术的不断成熟和优化,sirna作为基因沉默工具的潜力将持续释放,为人类健康事业作出更大贡献。
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