实验原理
膜体系酵母双杂是基于分离的泛素(split-ubiquitin)介导的膜蛋白酵母双杂交系统,该系统可用于膜蛋白-膜蛋白或膜蛋白-胞质蛋白之间的互作检测。
泛素是一种含76个氨基酸的保守蛋白,它经常作为降解信号连接在蛋白质的n端。泛素能被其特异性的蛋白酶(ubiquitin-specific proteases, ubps)识别并从所连接的蛋白上切割下来,切割位点总是位于泛素蛋白的c端。在酵母细胞中,泛素可以分成两部分单独表达,即其n端部分(nubi,第1~34位氨基酸)和c端部分(cub,第35~76位氨基酸),后者融合有能启动核内报告基因表达的lexa-vp16蛋白。
野生型nubi和cub具有高亲和力,并且可以自发重组形成异源二聚体。但是当野生型nubi的第13位ile被ala或gly取代后,nubi和cub就不能自发结合,因此,nubg(i13g)和cub-lexa-vp16只有依靠bait和prey相互作用进行连接形成完整的泛素分子,然后诱导ubps识别并于其c端进行剪切,从而释放出转录因子lexa-vp16,最终启动核内报告基因(his3、ade2、lacz)的转录。
产品优势
1.采用多个筛选步骤,可以减少非特异性相互作用的假阳性结果。
2.每个环节均有严格的质控,实验效率更高。
3.可处理复杂样本,同时筛选和鉴定多个蛋白质间的相互作用,实现高通量的筛选和分析。
4.使用操作简便,更易上手。
5.性价比高: 试剂配套齐全,价格优惠,低于市面上同款产品。
实验流程
结果展示
稀释点种验证
1:pbt3-a和ppr3-n(自激活)
2:pbt3-a和post1-nubi(功能验证)
3:pbt3-a和ppr3-n-b(实验组)
:ptsu2-app和pnubg-fe65(阳性对照组)
-:ptsu2-app和ppr3-n(阴性对照组)
常见问题与解答
q1:膜体系为什么要做功能验证?怎样进行功能验证?
膜系统载体的选择主要根据诱饵跨膜的类型进行选择,为验证诱饵载体是否构建正确,能在细胞中形成正常的功能,需要将重组诱饵质粒和猎物载体post1-nubi共转化酵母菌株中,通过涂布缺陷型和报告基因平板,如果均生长,说明诱饵和猎物的功能域形成了完整的泛素,激活了报告基因的表达,诱饵构建无误,能够形成正常的定位和功能。
q2:用筛出的阳性结果做点对点验证现阴性结果的原因是什么?
(1)酵母杂交本身也是存在假阳性的情况,有可能这两个基因根本不互作,合成全长进行验证自然也不会产生互作;
(2)对于双杂来说一般是两个结构域之间的互作,如果互作的两个基因的结构域恰好处于接触的状态,那么就可以发生相互作用;
(3)有些互作为瞬时互作,在文库筛选时可能捕捉导了互作,而在两个基因进行单独验证时就显示为阴性;
(4)有些互作为间接互作,可能需要依靠第三个基因的作用,促进这两个基因的互作;
(5)有些蛋白在正天然情况下可能为膜蛋白或者是定位在膜上的蛋白,酵母杂交虽然是模拟体内互作,但是与天然状态下的蛋白还是有一定的差距的,为保证两个蛋白在同一空间,诱饵和猎物载体均带有核定位信号,会强行的将他们定位在核内,因此可能会产生假阳性的情况。
q3:筛出的阳性结果为什么需要重新合成全长而不是片段做回转验证?
(1)片段的序列是基于测序结果得出来的,可能会有突变和缺失的情况,可能不是一个完整的结构域;
(2)将阳性测序结果进行ncbi数据库检索时,由于为片段式可能会匹配到很多的基因,没有办法确定为哪一个基因,需要进行试验确认才能定位到具体的基因,在进行后续的辅助实验emsa,pulldown等实验时才有理论依据,否则在发文章时仅凭不能确定基因的片段并不能作为有力的支撑。
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