服务简介
service introduction非编码rna（non-coding rna）是指不编码蛋白质的rna。 其中包括rrna、trna、snrna、snorna 和microrna等多种已知功能的rna，还包括未知功能的rna。这些rna的共同特点是都能从基因组上转录而来，但是不翻译成蛋白，在rna 水平上就能行使各自的生物学功能。非编码rna从长度上来划分可以分为3类：小于50 nt， 包括microrna、sirna、 pirna； 50 nt到500 nt， 包括rrna、trna、snrna、snorna、slrna、srprna 等等； 大于500 nt，包括长的 mrna-like的非编码rna，长的不带polya 尾巴的非编码rna等等。
长链非编码rna（long noncoding rna，lncrna）是一类长度＞200bp的rna，由rna聚合酶ⅱ转录，lncrna具有保守的二级结构,大部分不编码蛋白质，也有报道，其可以编码多肽，多肽大部分无功能。lncrna来源很广，可以来源于基因编码区、非编码区、外显子、内含子、正义链或反义链。lncrna发挥功能的方式很广，可以与蛋白、dna和rna相互作用，参与多种生物学过程的调控。主要包括基因组表观遗传修饰、调控转录后翻译、发挥cerna、增强子rna作用等，从而对细胞的增殖、分化、迁移、凋亡、免疫等发挥调控作用。随着高通量测序技术的发展，越来越多的lncrna被注释，但是绝大多数的lncrna的功能仍然不清楚，因此lncrna的研究是一片非常广阔的未知领域，具有极大的科研价值和意义。
金开瑞提供的非编码rna服务包括
研究方案
以下以lncrna为例，对非编码rna研究进行介绍
图1. lncrna 差异表达聚类结果及差异表达火山图
采用rt-pcr或者qrt-pcr检测lncrna/mirna在不同组织和细胞中的表达水平。
图2. pvt1和 mirna在宫颈癌组织中的表达
(iden, m.et al.the lncrna pvt1 contributes to the cervical cancer phenotype and associates with poor patient prognosis.plos one.2016.may 27;11(5))
采用对肝癌细胞（如hepg2、hep3b、huh7）str位点和amelogenin位点的基因分型技术，进行细胞鉴定。
| marker | 细胞库信息 | |||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| allele1 | allele2 | allele3 | allele1 | allele2 | allele3 | |
| d5s818 | 13 | 13 | 13 | 13 | ||
| d13s317 | 10 | 11 | 12 | 14 | ||
| d7s820 | 10 | 11 | 12 | 14 | ||
| d16s539 | 10 | 10 | 10 | 10 | ||
| vwa | 16 | 18 | 17 | 17 | ||
| th01 | 7 | 7 | 6 | 7 | ||
| amel | x | x | x | x | ||
| tpox | 8 | 11 | 9 | 9 | ||
| csf1po | 11 | 11 | 8 | 8 | ||
| d21s11 | 30 | 30 | ||||
图3. 基因过表达/敲除后单克隆细胞株的筛选
图4. crispr/cas9和慢病毒稳定细胞系
图5. 转染tp53tg1 减少了细胞的活力
(diaz-lagares a, et al.epigenetic inactivation of the p53-induced long noncoding rna tp53 target 1 in human cancer. proc natl acad sci u s a. 2016 nov 22;113(47):e7535-e7544.)
图6. hct-116 cells 稳定转染tp53tg1 24小时后检测细胞的凋亡率
(diaz-lagares a, et al.epigenetic inactivation of the p53-induced long noncoding rna tp53 target 1 in human cancer. proc natl acad sci u s a. 2016 nov 22;113(47):e7535-e7544.)
图7. tp53tg1 抑制了hct-116细胞的克隆形成
(diaz-lagares a, et al.epigenetic inactivation of the p53-induced long noncoding rna tp53 target 1 in human cancer. proc natl acad sci u s a. 2016 nov 22;113(47):e7535-e7544.)
图8. 伤痕愈合实验检测 vim 敲低和过表达对细胞侵袭力的影响
(peng zheng,quantitative proteomics analysis reveals novel insights into mechanisms of action of long non-coding rna hotair in hela cells.mcp. 2015.)
图9. 与sicont细胞相比，sipvt1细胞侵袭力明显降低
(iden, m.et al.the lncrna pvt1 contributes to the cervical cancer phenotype and associates with poor patient rognosis.plos one.2016.may 27;11(5))
图10. 用不同浓度的ew-7197 (0.25, 0.5, 1.25 and 2.5 μm) 处理a549-cug2 and beas-cug2 细胞24 h。免疫印迹检测 cug2, e-cadherin, n-cadherin, and vimentin 的表达
(kaowinn s, kim j, lee j, shin dh, et, al. cancer upregulated gene 2 induces epithelial-mesenchymal transition of human lung cancer cells via tgf-β signaling. oncotarget. 2016 dec 10.)
应用蛋白质组学itraq（silac,swath）定量方法和生物信息学找到lncrna/mirna调控的靶标。
图11. 蛋白质组学itraq/swath 和差异蛋白通路分析
图12. 目的lncrna在细胞中的位置分布（18s和u6为内参）
图13. rna pull down后质谱鉴定、wb检测
图14. ap-1蛋白与rna的相互作用rip
图15. ms2-rip实验原理图（表达lnc-a的质粒富集mirna1mirna2的效率比不表达lnc-a的ms2组明显提高。通过对照，说明ms2-a可以与mirna1和mirna2相互结合）。
● 生物信息学预测分析
图16. 利用生物信息学方法预测lncrna与mirna的结合位点
● 生物信息学预测分析
图17. 双荧光素酶和rip验证lncrna可以与mir-26a结合
（c cao, zhang t, zhang d, et al.the long non-coding rna, snhg6-003, functions as a competing endogenous rna to promote the progression of hepatocellular carcinoma. oncogene. 2017 feb 23;36(8):1112-1122. ）
图18. 肝癌裸鼠成瘤模型，通过活体成像和测量观察不同处理小鼠肿瘤的生长、转移情况
（c cao, zhang t, zhang d, et al.the long non-coding rna, snhg6-003, functions as a competing endogenous rna to promote the progression of hepatocellular carcinoma. oncogene. 2017 feb 23;36(8):1112-1122. ）
图19. 腺病毒注射小鼠尾静脉后，隔一段时间通过肺组织切片观察某基因对肺的影响
