科研干货 | 从什么渠道找chip抗体更迅速、准确、可靠呢？-凯发k8网页登录

    染色体免疫共沉淀（chromatin immunoprecipitation，chip）是用来研究蛋白质与dna是否在体内存在相互作用的一项技术，在表观遗传学中应用十分广泛。该技术主要是利用抗原抗体特异性结合的特性，将与目的蛋白相结合的dna片段沉淀下来。

    在这个实验中，交联和抗体是影响实验结果的两大因素。前者操作不当会导致超声破碎效果不好从而dna片段过长，可能会对后续的测序和数据分析产生不利影响，例如测序困难、覆盖度下降从而降低测序的可靠性和分析结果的准确性、数据解读困难等等。而后者，主要影响富集的效率及可用数据的质量。这一步对整个实验来说意义重大，因此抗体的特异性尤为重要。

    首先，选择chip级别的抗体是做该实验的基础。chip相对于ip多出了甲醛交联的过程，同时甲醛会在dna和蛋白质、蛋白和蛋白的氨基/亚氨基之间形成共价键，chip级抗体能识别此状态的目的蛋白。

    其次，从特异性角度来说，单克隆抗体识别靶蛋白上的单一表位，相较多克隆抗体通常表现出更高水平的特异性、低非特异性结合和低背景信号。当然，单抗也不是完美的。chip实验主要还是体内环境多一些，除了目的蛋白还会存在很多其他染色质相关蛋白，而“交联”这个步骤，可能导致单抗的识别位点被掩蔽，不能有效结合目的蛋白。在这方面，多抗则有更大几率避免这类情况发生。多抗可以识别靶蛋白上的多个表位，即使有些表位被掩蔽，也可以更有效地检测靶标。相对地，多表位也意味着非特异性结合的增多。因此，单抗多抗各有优劣，需要根据实际情况来选择。

    那么，从什么渠道找chip抗体更迅速、准确、可靠呢？我们给大家总结了三种方式。

 

01、通过cistrome数据库来查询

    cistrome数据库共收录了56464人和小鼠的转录因子、组蛋白修饰和染色质可及性样本，是目前研究chip-seq和dnase-seq较为全面的一个数据库。

首先，进入cistrome网站：

 

以人源转录因子“arid1a”为例，进行搜索：

    一般来说，绿色越多说明这个实验的数据越可靠，选择全部是绿色的数据进行参考较为有意义。在没有全绿的情况下，可以看代表富集效率的第四项是否为绿色，若是绿色的也可参考。

先选择全绿的一项：

    可以看到这个实验数据来源哪一篇文章以及生物样本类型，可跳转到pubmed。材料和方法部分会注明chip抗体的货号。

 

02、通过华美生物、cst等抗体凯发娱发k8官网搜索

    通过华美生物、cst等抗体凯发娱发k8官网搜索，看产品是否有chip应用，及引用的文献数量。在能应用于chip实验的基础上，参考的文献越多越有选择的价值。

以人源转录因子“hist1h1c”为例，进入华美凯发娱发k8官网。搜索：

    进行筛选后，能看到chip抗体数量以及相关文章信息，还可以直接跳转到文章，了解和参考前人的实验思路和结果呈现方式。

    像这样具体到某个抗体凯发娱发k8官网来进行搜索可能有些麻烦，这里有一个网站citeab。其号称是世界最大的抗体搜索引擎，囊括了600 万种抗体、332家试剂及抗体供应商、400 万文献引用；搜索结果可根据抗体被引用的文献次数来排序，对于选择困难症的同学来说可谓是十分方便的一个途径。比起去某个凯发娱发k8官网查找，这个网站更全面、快捷，十分推荐使用。

 

03、在文献搜索引擎里，以关键词“目标蛋白 chip”进行检索

    在文献搜索引擎里，以关键词“目标蛋白 chip”进行检索，看文章里的抗体来源。

还是以“arid1a”为例，进入文献检索平台，输入关键词：

    以上，就是找寻chip抗体的方法。简而言之，尽量选择有文献支撑的抗体来使用。

    当然了，也不是所有的蛋白都有chip抗体。实在是没有针对目标蛋白的chip抗体时，也可以考虑从标签抗体入手。不过标签抗体的特异性不是很高，富集效果可能没有特异性抗体好，这一点需要提前考虑到。若不想选择标签抗体，也可以退而求其次，选择针对目标蛋白的ip、if级别的抗体。

 

参考文献：

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