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三维基因组学经典好文:lhx2-和ldb1的反式相互作用调节嗅觉受体的选择
文章来源:genecreate 作者:genecreate 发布时间:2019-02-28 08:59
题目:lhx2- and ldb1-mediated trans interactions regulate olfactory receptor choice
lhx2-和ldb1的反式相互作用调节嗅觉受体的选择
期刊:nature
影响因子:41.577
主要技术hi-c、chip-seq、rna-seq
研究背景
        我们的鼻子可以帮助我们感知到玫瑰花香、茉莉花香等各种不同的味道,是什么保证了我们能拥有这嗅觉了?哥伦比亚大学的研究人员借助hi-c基因组测序技术,首次在哺乳动物的细胞核内发现一种巧妙的三维重排机制。

文章思路
名词解释:
小鼠嗅觉感受器(ors)(olfactory receptors)
成熟嗅觉神经元(mosn)(mature olfactory sensory neuron)
嗅觉神经元(osn)(olfactory sensory neuron)
主嗅上皮(moe)(main olfactory epithelium)
荧光活化细胞(fac)(fluorescence-activated cell)
总峰分析(apa)(aggregate peak analysis)
水平基底细胞(hbcs)(horizontal basal cells)
直接神经元前体(inps)(immediate neuronal precursors)
细菌假染色体(bac)bacterial artificial chromosome

研究内容及结果
1. 反式分隔来源于osn分化
       首先,作者分析了荧光活化细胞(fac)分化的成熟嗅觉神经元(mosns),它代表了有丝分裂后的神经元的最终分化,其被视为小鼠嗅觉感受器(or)的异质性。在成熟嗅觉神经元的原位hi-c结果中显示了广泛的染色体间相互作用,相当于hi-c总接触的35.6%,其与之前的成像结果一致。放大的基因组视图显示,在or基因簇与中间的or簇之间存在很强的osn-specific反式接触,有大约7.5%的hi-c接触点从不同的染色体映射到or簇(图1a,b)。聚合峰分析(apa)和无偏室预测证实大多数or簇参与or选择性多染色体的组装(图1b),值得注意的是,在mosns中,or簇间的反式接触仅占所有染色体间接触的0.25%,但在1000个最强的反式hi-c接触中占50%。在分化程度更高的直接神经元前体(inps)中,反式or接触丰富,但比在mosns少;顺式or簇间的相互作用程度与mosns一致。因此,or基因间隔以分层的方式形成,顺式接触首先出现,反式作用随着分化而加强。
        or隔间内,63常染色质的greek islands代表hi-c“hotspots”中特殊和频繁的顺式和反式接触(图1d,e)。在inps中,每个细胞中有多个or基因被弱转录。虽greek islands之间相互作用,但在mosns中缺乏焦点接触分布。分化增强和反式交互规范化是大多数greek islands的特性(图1 f, g)。总而言之,在mosns中,greek island hi-c接触点中4.5%与其他greek island有接触,其中一半为反式(图1f)。值得注意的是,这超过了greek islands顺式长交互中lhx2和ebf共结合基因间序列的平均和累积频率(图1g)。
图1 osn分化过程中,greek islands之间形成的染色体间接触与or基因簇间接触以及局部染色体间接触
 
2. greek islands促进区域划分
        为了系统的剖析greek island的相互作用,作者探讨了这些增强子核心序列的作用。在mosns的原位hi-c中, islands h(2kb)、lipsi(1kb)和sfaktiria (0.6 kb)的纯合子缺失,在包含这些缺失的基因组bins和剩余的greek islands之间反式相互作用减少,这种效应延伸至较宽的基因组距离(图2a-c)。值得注意的是,积累的反式greek island接触减少与在细胞中观察到的or基因的转录下调相关图2c)。小至0.6 kb的dna在数百个碱基上协调基因组接触,类似于zip元素影响酵母菌或igk增强子的核定位,从而影响了pre-b细胞中免疫球蛋白位点的定位。三重增强子删除对集群的影响表明,这些额外的序列参与or集群之间的交互。
图2 greek islands增强子缺失对集群的影响
 
3. 蛋白质的区域化调节
        接下来,作者研究了greek-island-bound结合转录因子在ors区隔中的作用,在水平基底细胞(hbcs)中删除lhx2,然后用甲基咪唑诱导这些细胞分化,以tdtomato强度为标记,鉴定了细胞群体,其中最暗的是由hbc-衍生的inps和mosns组成。荧光活化细胞fac-sorted的rna测序(rna-seq)结果显示,lhx2的早期缺失导致嗅觉神经元(osn)谱系发育迟缓,inp-特异性标志物增多。考虑到分化缺陷和可能的细胞标识变化,fac-sorted细胞反式or和反式 greek island 接触明显减少(图3a-d)。在早期的lhx2敲除细胞中,染色体间相互作用的频率仍然很高,但在1000个最强的反式接触中or-or接触仅占16%。在mosns中lhx2的晚期缺失也减少了反式or接触,但没有早期缺失多(图3a, c)。lhx2的缺失使greek islands之间的反式接触和远距离顺式接触减少(图3b, d),与or下调相一致。
为了了解lhx2是如何稳定的与greek island接触的,作者研究了lhx2(lim区域蛋白)是否招募了边缘结合蛋白(ldb1)。作者对ldb1进行的染色质免疫沉淀和测序(chip-seq),发现mosns与lhx2峰有密切重叠。与此一致的是,每个greek island都以lhx2-dependent的方式被ldb1绑定。在mosns中删除ldb1,导致反式greek island和远距离顺式greek island相互作用的强烈减少(图4a, b),or集群之间反式交互减少,在全基因组中效应更弱。值得注意的是,rna-seq显示ldb1的缺失导致ors广泛的转录下调(图4c),其可能受限于or家族(图4d)。
图3 lhx2是greek island中心形成or分隔以及装配和稳定的基础
 
图4 ldb1是greek island中心稳定和or转录的基础
 
4. greek island中心与活跃的or基因有关
        为了检测greek island中心是否通过与or基因直接相互作用调节or转录,作者在or基因 olfr16、olfr17和olfr1507进行了原位hi-c实验。在这些osn种群中,整体or集群网络与greek island的相互作用在很大程度上是相同的,但也观察到osn类型特异性变异。然而,在每一种osn类型中,转录活跃的or始终与greek islands形成频繁的相互作用。例如,在olfr16 osns中,olfr16位点与greek islands的顺式长交互和反式相互作用强烈,5%的hi-c接触点映射到olfr16。在olfr17 osns和olfr1507 osns中,它主要与附近的greek islands相互作用(图5a, b)。值得注意的是,在olfr16 细胞中,相对于完整的or谱,greek island上的联系在olfr16位点得到额外的加强(图5b, 5c)。因此,通过基因与greek islands的累积相互作用,原位hi-c可以准确地从近1000个基因中识别到转录活跃的or。
图5 greek island中心与or特异性转录活性位点的相互作用
 
文章小结
        本文作者利用原位hi-c、rna-seq等技术,发现小鼠嗅觉感受器or基因间隔以分层的方式形成,顺式接触首先出现,反式作用随着分化而加强。or隔间内的greek islands增强子的缺失对集群之间的交互有影响,转录因子lhx2的缺失使greek islands之间的反式接触和远距离顺式接触减少,并发现边缘结合蛋白ldb1是greek island中心稳定和or转录的基础。最后通过原位hi-c实验,发现greek island中心通过与or基因直接相互作用调节or转录。
 
解析文献
kevin monahan, adan horta, et al. lhx2- and ldb1-mediated trans interactions regulate olfactory receptor choice [j]. nature, 2019, 565 , 448–453.

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