技术专题
金日晚报一周汇总【2020.8.31-2020.9.4】
文章来源：genecreate
作者：genecreate
发布时间：2020-09-10 15:19
2020年8月31日
1、jcb：这种lncrna促进了肺癌细胞的免疫逃逸
癌症的特征是基因组不稳定性，许多突变在癌细胞中积累。以往，研究人员总是关注蛋白编码基因中的突变。然而，许多突变会影响基因组的非编码区（过去被称为垃圾dna），而这些非编码rna在癌症中的作用还不是太清楚。
西班牙纳瓦拉大学的maite huarte及其同事分析了覆盖25种癌症类型的7,000多个肿瘤，发现许多肺癌细胞都含有某个基因的额外拷贝。这个基因编码了一种长链非编码rna，故研究人员将其命名为与肺癌相关的扩增lncrna（alal-1）。
这项成果于8月27日发表在《journal of cell biology》杂志上。它表明，靶向这种lncrna分子有望提高免疫疗法的有效性，而目前免疫疗法仅仅在约20%的肺癌患者中取得成功。
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2、中外合作nature发文报道世界上首次实现跨膜孔蛋白的精确从头设计
北京时间8月26日23时，nature杂志在线发表西湖大学生命科学学院卢培龙研究员课题组与华盛顿大学david baker等课题组合作的人工设计跨膜蛋白质的最新研究：《跨膜孔蛋白的计算机辅助设计》（ computational design of transmembrane pores） 。该研究在世界上首次实现了跨膜孔蛋白的精确从头设计。
华盛顿大学徐纯福博士和西湖大学生命科学学院卢培龙研究员为该文的共同第一作者， 卢培龙研究员、华盛顿大学william a. catterall教授和david baker教授为该文的共同通讯作者。此外，大阪大学、剑桥大学的多位研究人员也在该项研究中作出重要贡献。
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2020年9月1日
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2020年9月2日
1、proc. natl. acad. sci. | 通过ms2或cas13靶向apex鉴定rna-蛋白互作
今天推荐发表在pnas上的文章，通讯作者是斯坦福大学的alice y. ting教授，她主要研究活细胞中的蛋白质组鉴定、功能回路和线粒体生物学等。鉴定活细胞中的rna-蛋白质相互作用对于了解rna的加工、运输、折叠、功能和降解都十分重要，以蛋白为中心，交联免疫沉淀测序、rna免疫沉淀测序等方法都可用于鉴定rna，而目前以rna为中心鉴定其相互作用蛋白的方法尚在持续发展中，之前用过的适配体或反义探针亲和标记方法可能会结合上变性的rna、或者丢失微弱的瞬时的相互作用，因此发展出有的邻近标记技术可以靶向生物素连接酶bioid到一些rna上，但是该酶标记时间过长不适合动态研究，因此在“rna–protein interaction mapping via ms2- or cas13-based apex targeting”一文中，斯坦福大学的alice y. ting教授利用ms2或者crispr-cas13靶向邻近生物素化标记酶apex2到特异性的rna上，时间分辨率更高，并用于发现人类端粒酶rna（htr，作为端粒反转录的模板，调控细胞衰老和肿瘤发生）另外的相互作用蛋白和相关功能。
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2、山东大学cell rep发表病原菌在植物根部入侵的新进展
近日，山东大学生命科学学院、植物发育与环境适应生物学教育部重点实验室丁兆军教授团队在cell子刊cell reports杂志在线发表了题为“antagonistic interaction between auxin and sa signaling pathways regulates bacterial infection through lateral root in arabidopsis”的研究论文。山东大学生命科学学院为该论文的第一完成单位，孔祥培助理研究员和博士后张春雷是本论文的共同第一作者，丁兆军教授和孔祥培助理研究员为本论文的共同通讯作者。
该研究阐明了生长素信号和sa信号在侧根发生过程中的拮抗作用以及它们参与调控病原菌通过侧根入侵的分子机制。该研究结果为深入理解植物根系与根际微生物互作提供重要的参考价值。
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2020年9月3日
1、autophagy | 华中农大揭示植物调控细胞自噬和抗病途径新的分子机制
8月28日，autophagy杂志在线发表了华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室赖志兵课题组最新研究成果，研究揭示了bak1通过磷酸化植物细胞自噬小体形成的关键蛋白atg18a，抑制细胞自噬途径，从而削弱植物对灰葡萄孢菌的抗病性。研究成果以“phosphorylation of atg18a by bak1 suppresses autophagy and attenuates plant resistance against necrotrophic pathogens”为题发表。
在该研究中，作者首先发现atg18a蛋白受磷酸化修饰；通过质谱分析，确定了atg18a五个被磷酸化的位点（thr241, ser328, ser344, ser361 和thr387），通过遗传学和分子生物学实验，确定了atg18a蛋白的这五个位点的磷酸化反向调控植物自噬途径和对灰葡萄孢菌的抗病性。研究还发现，在病原菌入侵过程中，atg18a蛋白的磷酸化水平呈现前期增强后期明显下降的趋势。
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2、武汉大学揭示linc00301在非小细胞肺癌进展和肿瘤免疫中的重要作用
2020年9月2日，武汉大学健康学院孙承操、李得加和何启强教授团队在 genome medicine杂志上发表了题为：foxc1-mediated linc00301 facilitates tumor progression and triggers an immune-suppressing microenvironment in non-small cell lung cancer by regulating the hif1α pathway 的研究论文。
这项研究揭示了linc00301在nsclc临床标本、细胞和动物水平中的致癌作用，详细阐述了linc00301在nsclc肿瘤发生、发展、转移和免疫抑制微环境形成中的具体作用和分子调控机制，为nsclc的肿瘤发生和免疫治疗提供了新的认识。结合lna技术， linc00301具备作为nsclc诊断治疗靶点的潜能。
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2020年9月4日
1、nat. commun. | 基于机器学习的化学蛋白质组学方法鉴定药物靶标和结合位点
nature communications上的一篇关于药物靶点和结合位点鉴定的文章“a machine learning-based chemoproteomic approach to identify drug targets and binding sites in complex proteomes”，通讯作者是苏黎世联邦理工学院的paola picotti教授和biognosys ag的lukas reiter博士。picotti教授的课题组致力于开发基于质谱的结构和化学蛋白质组学方法，旨在监测复杂细胞环境中的蛋白质构象变化。reiter博士深谙计算蛋白质组学，并且是swath技术的共同发明者。
本文采用的基于lip的方法可以对复杂的真核蛋白质组（例如人）中的蛋白质-小分子相互作用进行系统的研究。作者采用了基于机器学习的框架（lip-quant），利用药物剂量滴定，可鉴别小分子化合物的靶标并可以提供其他信息，包括结合位点预测和靶标亲和力。作者通过研究化合物与已知人类蛋白质靶标的结合来对lip-quant进行基准测试，探讨了检测激酶或磷酸酶抑制剂和膜蛋白药物的可能性，还确定了一个目前正在研究的杀菌剂的未知靶标。
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2、川大华西医院nature杂志发表重组蛋白新冠疫苗研究论文
7月29日，四川大学华西医院生物治疗国家重点实验室作为第一作者单位和通讯作者单位，在nature 在线发表题为“a vaccine targeting the rbd of the s protein of sars-cov-2 induces protective immunity”的研究论文，该论文的通讯作者是魏霞蔚研究员、逯光文教授与张康教授，第一作者是杨静云博士、王玮教授以及杨自敏博士等，这也是nature杂志发表的第一篇新冠疫苗研究论文。
该研究发现包含s-rbd残基319-545的重组疫苗可在单剂后7或14天之初在免疫的小鼠，兔和非人灵长类动物（猕猴）中诱导有效的功能抗体应答。免疫动物的血清在体外阻断了rbd与细胞表面表达的ace2的结合，并中和了sars-cov-2假病毒和sars-cov-2活病毒的感染。
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