常见问题与解答
prm技术常见问题与解答
文章来源：genecreate
作者：genecreate
发布时间：2018-02-28 14:19
1、q：prm技术是什么？与蛋白质组学中常用的“鸟枪法”是什么关系？
a：prm全称parallel reaction monitoring，即平行反应监测，还有另外一个叫法mrmhr。prm是目前靶向蛋白质组学策略中最常用的蛋白定量技术之一。prm技术是基于高分辨率质谱发展起来的，通常在q-tof或者q-orbitrap类型的质谱仪上实现。其基本原理是：四级杆（q）首先选出的目标肽段离子，进入碰撞室中打碎后，所有的碎片离子经过质量分析器产生一张高分辨的二级质谱图，通过提取其中的碎片离子信息即可实现目标肽段的定量。
“鸟枪法”（shot-gun）与prm是两种不同的质谱扫描方式。“鸟枪法”是一种大规模的扫描方式，目标是尽可能多的检测样品中的蛋白，通常有偏向易于检测到丰度较高蛋白的特点，而prm则是针对特定感兴趣蛋白的扫描方式，目标是实现目标蛋白的精准定量。
2、q：目标蛋白定量可以用wb来做，为什么要选prm？
a：对目标蛋白的定量确实两种方法都可以实现，有意思的是prm也常被称为“质谱领域的wb”。wb是依赖于抗体的检测方法，其效果与抗体的质量、实验操作密切相关，而且严格说来，其基于显色条带亮度的定量只能说是“半定量”。目前市场上抗体质量参差不齐，很多蛋白又没有商品化抗体可以购买，制备单抗周期又长，这些因素很大程度上限制了wb的效果。
prm则是一种不依赖抗体，基于质谱的靶向定量技术，所以对一些没有抗体的蛋白，以及针对翻译后修饰的蛋白，通过prm可以很快拿到定量结果。prm灵敏度高，特异性好，定量范围可达4个数量级以上，实现了真正意义上的蛋白精确定量。另外，通量方面，一次prm实验可同时对多达几十个蛋白进行同时定量，这也是wb很难达到的。
3、q：prm分析流程是怎样的？
a：要做prm首先要明确目标蛋白（或多肽）是什么，设计和建立针对这些目标蛋白prm质谱采集方法，然后对待测样品进行prm数据采集，将得到的原始谱图数据导入分析软件提取子离子信息进行定量。另外，如果配制已知浓度的标准肽段，用prm额外做一个标准曲线，即可实现绝对定量。
4、q：prm技术能应用到哪些方面？
a：研究工作中涉及到蛋白或多肽定量的都可以通过prm技术来实现。具体说来，比如验证定量蛋白质组学中某些蛋白的变化，多肽的相对和绝对定量，想做蛋白定量却没有抗体，针对蛋白修饰位点的定量，想同时定量多个蛋白的情况等，都可以用prm来做。
5、q：关于prm技术，有没有相关的、较经典的参考文献？
a：（1）the scheduled mrm algorithm enables intelligent use of retention time during multiple reaction monitoring -delivering up to 4000 mrm transitions per lc run. ab sciex technical note 0921010-03.
（2）ruedi aebersold, alma l.burlingame and ralph a. bradshaw.western blots versus selected reaction monitoring assays：time to turn the table. molecular & cellular proteomics.september1, 2013, 12 :2381-2382.
（3）quantitative profiling of protein tyrosine kinases in human cancer cell lines by multiplexed parallel reaction monitoring assays. molecular & cellular proteomics, 2015,14(12):218-24.
（4）targeted proteomics analysis of protein degradation in plant signaling on an ltq-orbitrap mass spectrometer. journal of proteome research 13, 4246 (2014).
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a：prm全称parallel reaction monitoring，即平行反应监测，还有另外一个叫法mrmhr。prm是目前靶向蛋白质组学策略中最常用的蛋白定量技术之一。prm技术是基于高分辨率质谱发展起来的，通常在q-tof或者q-orbitrap类型的质谱仪上实现。其基本原理是：四级杆（q）首先选出的目标肽段离子，进入碰撞室中打碎后，所有的碎片离子经过质量分析器产生一张高分辨的二级质谱图，通过提取其中的碎片离子信息即可实现目标肽段的定量。
“鸟枪法”（shot-gun）与prm是两种不同的质谱扫描方式。“鸟枪法”是一种大规模的扫描方式，目标是尽可能多的检测样品中的蛋白，通常有偏向易于检测到丰度较高蛋白的特点，而prm则是针对特定感兴趣蛋白的扫描方式，目标是实现目标蛋白的精准定量。
2、q：目标蛋白定量可以用wb来做，为什么要选prm？
a：对目标蛋白的定量确实两种方法都可以实现，有意思的是prm也常被称为“质谱领域的wb”。wb是依赖于抗体的检测方法，其效果与抗体的质量、实验操作密切相关，而且严格说来，其基于显色条带亮度的定量只能说是“半定量”。目前市场上抗体质量参差不齐，很多蛋白又没有商品化抗体可以购买，制备单抗周期又长，这些因素很大程度上限制了wb的效果。
prm则是一种不依赖抗体，基于质谱的靶向定量技术，所以对一些没有抗体的蛋白，以及针对翻译后修饰的蛋白，通过prm可以很快拿到定量结果。prm灵敏度高，特异性好，定量范围可达4个数量级以上，实现了真正意义上的蛋白精确定量。另外，通量方面，一次prm实验可同时对多达几十个蛋白进行同时定量，这也是wb很难达到的。
3、q：prm分析流程是怎样的？
a：要做prm首先要明确目标蛋白（或多肽）是什么，设计和建立针对这些目标蛋白prm质谱采集方法，然后对待测样品进行prm数据采集，将得到的原始谱图数据导入分析软件提取子离子信息进行定量。另外，如果配制已知浓度的标准肽段，用prm额外做一个标准曲线，即可实现绝对定量。
4、q：prm技术能应用到哪些方面？
a：研究工作中涉及到蛋白或多肽定量的都可以通过prm技术来实现。具体说来，比如验证定量蛋白质组学中某些蛋白的变化，多肽的相对和绝对定量，想做蛋白定量却没有抗体，针对蛋白修饰位点的定量，想同时定量多个蛋白的情况等，都可以用prm来做。
5、q：关于prm技术，有没有相关的、较经典的参考文献？
a：（1）the scheduled mrm algorithm enables intelligent use of retention time during multiple reaction monitoring -delivering up to 4000 mrm transitions per lc run. ab sciex technical note 0921010-03.
（2）ruedi aebersold, alma l.burlingame and ralph a. bradshaw.western blots versus selected reaction monitoring assays：time to turn the table. molecular & cellular proteomics.september1, 2013, 12 :2381-2382.
（3）quantitative profiling of protein tyrosine kinases in human cancer cell lines by multiplexed parallel reaction monitoring assays. molecular & cellular proteomics, 2015,14(12):218-24.
（4）targeted proteomics analysis of protein degradation in plant signaling on an ltq-orbitrap mass spectrometer. journal of proteome research 13, 4246 (2014).
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