新闻中心
第六届国际三维基因组学研讨会精彩回顾
文章来源：genecreate
作者：genecreate
发布时间：2019-10-15 16:40
由清华大学北京信息科学与技术国家研究中心主办，清华大学结构生物学高精尖中心、清华大学合成与系统生物学中心、华中农业大学协办的第六届国际三维基因组学研讨会于2019年10月11日在天骄圣地北京市盛大召开，众多学者如期而至，武汉金开瑞生物工程有限公司受邀参展，和各位专家老师共同见证这场学术盛宴！大会学术氛围浓重，大咖云集，充分展示三维基因组学研究领域的最新成果和进展，推动我国三维基因组学研究的深入和生物技术产业的蓬勃发展。会议历时2天，进行了五十多场精彩纷呈的报告。
来，跟随小编看一下本次大会精彩回顾吧！
会议开幕式由清华大学教授（国家海外高层次人才引进计划 “ 千人计划 ”引进人才），博士生导师，长江讲座教授michael q. zhang主持。发言期间，张教授对各位远道而来的专家老师表达了最真挚的感谢，同时预祝第六届国际三维基因组学研讨会取得圆满成功。
大会主要围绕三维基因组学检测技术 、三维基因组学计算分析平台 、三维基因组学成像及显微技术 、三维基因组学可视化模拟技术 、三维基因组学应用（人类、动物、植物、微生物）和结合三维基因组学多组学分析这五个议题展开，下面小编截取了几个精彩片段和大家分享一下～
阮一骏 教授（美国杰克逊实验室）:3d genome organizationand transcription regulation
阮一骏教授整体回顾了基于近端链接和抗体捕获分析染色质蛋白复合体的高通量测序技术及发展动向，并提到基于就近连接的技术无法完全解决单细胞分辨率的高维度染色质相互作用问题。基于此，其研究团队开发了一种基于液滴捕获的单分子级别染色质蛋白复合体高通量测序技术chia-drop。通过对于每个液滴中的dna进行测序，该技术能够实现对单分子的染色质折叠进行捕获。
谢晓亮 教授（北京大学）：decoding the 3d human functional genome withcorrelated gene modules(cgms) and transcription factor colocalization(tfc)
谢教授在会中介绍了利用基因模组和转录因子共定位模型来解码人类三维基因组功能的研究成果。谢晓亮教授首先引用了遗传学家eric lander对人类基因组计划的评语：“human genome, bought the book, hard to read”，强调了人类基因组解读的挑战。随后，他介绍了单细胞基因组结构捕获技术dip-c结合多重末端标记扩增（meta），可以对单个细胞进行高通量测序并揭示高空间分辨率的单细胞基因组三维结构。通过单细胞转录组的数据分析，其研究团队发现不同基因转录过程的振荡具有一定的相关性，进而在约12,000个基因中利用相关系数发现了不同相关性基因模组（cgm），并揭示了不同的细胞类型具有不同的cgms。与此同时，转录因子同样可以用通过相关性产生协方差矩阵，共计20个相互作用对。
赵可吉 教授 （美国国立卫生研究院）：detection of multiple levels of chromatinorganization by trac-looping
赵教授介绍了多维度捕获染色质结构的trac-looping技术。他介绍，该技术具有捕获长距离相互作用和无需连接等优势，通过将tn5转座酶加入双向的连接子，组成四分子复合体。通过利用生物素对复合体进行富集，trac-looping可以捕获开放区域的长程相互作用。该方法和hi-c相比需要更少的测序量，同时可减少背景噪声。此外，该方法还能够很好地检测不同的转录调控相互作用。
frank alber 教授 （美国南加州大学）：mapping the spatial organization of genomesthrough data integration
frank alber教授介绍了通过利用多数据整合和算法来实现基因组空间结构重构的研究成果。他表示，整合之后的结果能够很好重构染色质长程相互作用，染色质区室和亚区室结构。通过对多数据的整合，他介绍不同的亚核区室具有不同的功能，这些区室在不同的细胞类型中具有其具体的功能。
付向东 教授 （美国加州大学圣迭戈分校）：endo-sirnas act in cis and trans to maintain pericentromeric heterochromatin to ensure hight fidelity chromosomesegregation during mitosis
异染色质的形成和维系对于细胞的表观遗传非常重要，但有两个问题一直没有得到解决，其一是重复衍生的rna的来源和作用方式，其二是不同生物中的不同作用机理。其研究团队发现dicer-2很可能负责产生重复衍生的rna，尤其是由gypsy元件转录出来的rna。这些重复衍生rna以顺式和反式的方式来维系核外围的异染色质。同时，他们还证明，合成的重复衍生sirna可以用于恢复dicer-2缺失引起的异染色质形成缺陷。这项研究证明，激活的逆转座子对稳定的遗传非常重要。
thomas cremer 教授 （德国慕尼黑大学）：nuclear organization and function – acytogeneticist’s perspective of chromosome territories, tads, chromatin domainsand the interchromatin compartment
thomas cremer 教授的研究强调了hi-c和成像技术相结合用于细胞核全貌研究的重要性。
rafael casellas 教授 （美国国家癌症研究所）：a pliable mediator acts as a functional, rather than an architectural bridge, between promoters and enhancers
结论显示，cohesin对启动子增强子作用关系的调控比mediator和rna polii更强，进而提出了新的启动子增强子作用模型。
john t. lis 教授 （美国康奈尔大学）；chromatin conformation remains stable upon massive heat shock regulated transcriptional changes
john t. lis 教授在报告中展示了使用热休克基因家族作为研究对象来观测转录及其激活的成果。他们通过其实验室开发的能够对新生rna捕获的高通量测序技术例如pro-seq、pro-cap等发现，在经历剧烈的热休克之后，热休克基因家族新生rna立即开始大量转录，然而所对应的染色质构象在compartment和tad层面并没有产生巨大变化。通过敲低热刺激的主要调控元件hsf1基因，研究发现虽然在大尺度染色质构象没有变化，但是通过hsf1的结合强度和接触频率能够很好的预测hsf1的直接调控基因。
feifei li （中国科学院北京基因组研究所）：widespread transcriptional responses to the thermal stresses are prewired in human 3d genome
feifei li 研究小组通过表观基因组和三维基因组手段，研究了温度变化刺激对人类细胞的转录影响。
giacomo cavalli 教授 （法国蒙彼利埃大学）：3d genome organization and polycomb proteins in development and cell differentiation
giacomo cavalli 教授不仅发现了染色质景观在早期血统承诺期间进行了重新配置，同时也揭示了其独特的染色质状态启动多能性。
cheng li 教授 （北京大学）：3d genomics and diseases
这项研究报道了mm细胞中的三维基因组相互作用图谱，并展示了cnv、易位、三维基因组和基因表达调控间的关系。
大会最后，阮一骏教授致大会闭幕辞。阮一骏教授首先回顾了国际三维基因组学研讨会的发展历程，并介绍了三维基因组学在中国的发展现状与未来前景，并对本届大会的报告嘉宾及大会组织机构表示感谢。最后，阮一骏教授代表大会组委会公布了由本届大会参会者共同评选的最佳海报奖获奖名单，并与众多嘉宾一道，为获奖海报的研究者进行了颁奖。
本次会议历时两天，会议期间学术氛围浓厚，大家纷纷对讨论的主题献言献策，一篇篇见解独到的文章，一次次深入浅出的发言，每一次发言过后的探讨紧张而又激烈，整个会议在热烈而有序的氛围中渡过。
会议期间，金开瑞展位火爆异常，众多参会人员前来咨询探讨，我司刘经理等多位技术人员亦耐心细致的回答每一位学者的问题，现场气氛热烈。
那么究竟是什么让大家纷纷慕名而来呢？我司hi-c技术又有哪些技术优势呢？
武汉金开瑞生物工程有限公司提供的dlo hi-c技术，为华中农业大学曹罡教授和李国亮教授课题组首创，是一种创新的染色质构象捕获技术。在此次大会中曹罡教授受邀担任委员会成员。
金开瑞dlo hi-c技术优势：
1. 微量细胞建库：正常建库与生信分析的样本量可低至10万个核。
2. 高成功率：细胞样本文库构建成功率几乎为100%。
3. 建库周期短：只需执行两轮简单的消化和连接步骤即可获得高质量的文库。
4. 数据更准确：测序前质检，确保数据准确性
5. 分辨率更高：在测序数据量更少的情况下，互作矩阵分辨率更高，染色质结构分析得到的数据也更多
6. 较高的信噪比：使用多种措施来减少噪音，保证高质量的数据输出，分析更准确。
7. 量身定制个性化分析方案：提供dlo hi-c的标准分析外，更注重与rna-seq、chip-seq、atac-seq和甲基化等多组学表观遗传分析，提供个性化的生信分析方案。
