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q:贵公司可合成多长的dna,多长的rna?
合成dna的长度为6~130个碱基;合成rna的长度为8~35个碱基。当合成的dna序列较长时,由于合成及纯化方法的限制,很难保证制品中每个序列都正确无误。此外需要说明的是:如果待合成序列比较特殊 (例如多个“g”连续出现等),合成收率相对较低,我们可能会根据具体情况加收费用;有时我们也可能无法合成订购的序列,此时本公司保留不接受定单的权利。
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q:一般的合成oligo dna的5' 和3' 末端有磷酸基团吗?
没有,5' 和3' 末端均为-oh基。如需要加磷酸基团,订货时请特别注明,此时需收取磷酸化 (po4修饰) 的费用。
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q:合成的dna应如何保存?
干燥制品很稳定,-20℃下保存2年没问题。
溶解后的dna也请保存于-20℃,最好是分份保存,避免反复冻融。
溶液中的oligo dna在常温下放置3~4天应该没问题,但最好不要放置一个星期以上。其寿命与容器、溶剂的灭菌程度有关。
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q:合成的rna应如何保存?
干燥制品如能存放于-80℃是最理想的,如不能请于-20℃保存,保存2年没问题。
溶液状态的rna最好保存在-80℃,如无条件,请保存于-20℃。
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q:已经溶解的引物,为什么原先使用正常,而过一段时间再使用就不好了?
如果您溶解引物的水ph过低或污染了菌或核酸酶,会使引物降解。使用时没有充分解冻混合,液体不均匀也可能会造成引物加入量不准确。建议分装引物,避免反复冻溶。建议使用10mm tris ph7.5缓冲液溶解引物,因为有些蒸馏水的ph值比较低(ph4-5), 引物在这种条件下不稳定。还有一种可能性是引物没有问题,而是pcr使用材料特别是模板的质量与先前使用的不完全一致。
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q:引物质量好坏的判断标准是什么?
合成的引物和您的定单序列一致,而不是能否扩增出您所需要的产物。
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q:合成的dna/rna制品溶解后发现有少许沉淀,会影响实验结果吗?
所有的制品纯化后都要进行脱盐,脱盐是使用c18柱进行的,偶而会有微量的树脂溢出而进入制品。树脂不影响任何反应结果,请稍许离心后取上清使用。
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q:怎样对合成dna/rna制品进行定量、如何测定并计算od值?
由于核酸在260 nm附近有强吸收,因此常根据此性质,用紫外分光光度计测定核酸溶液在260 nm的吸光度值,据此对核酸进行定量,用od值来表示。1 od是指:置于光路长度为1 cm的比色皿中的dna/rna溶液,如果其在260 nm处的吸光度值为1,则称1 ml该溶液中溶解的dna/rna的量为1 od。1个od值的合成dna/rna的质量约为33 μg。将dna/rna溶液进行适当稀释,使吸光度测定值与样品浓度的关系在直线范围内,再根据原溶液的总体积与稀释倍数计算该溶液的总od值。例如,一个200 μl的dna/rna溶液,如果对其进行6倍稀释,测定值为1.0时,则该溶液的总od值为:0.2 ml×6×1.0 od/ml=1.2 od 。
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q:测定了制品的od值后发现od260/od280<1.8,制品质量 (纯度) 合格吗?
由于核酸在260 nm附近有强吸收,而蛋白质在280 nm附近有强吸收,从生物体内提取核酸时,常用od260/od280比值来评价核酸纯度 (比值在1.8~2.0之间),这一判断是基于序列中a、g、c、t所占比例大致相同时的结果。而合成的dna/rna则不同,序列很短 (通常在20~30个碱基之间),其中a、g、c、t各种碱基所占比例很不相同,由于各种碱基的摩尔消光系数不同,因此不同碱基构成的合成dna/rna制品的od260/od280比值也不同,例如当序列中c、t碱基的含量高时,该比值会大大低于1.8。此外,序列中碱基的排列顺序也影响该比值。所以不能根据od260/od280比值来评价合成dna/rna制品的纯度。
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q:使用3%的agarose凝胶电泳合成oligo dna制品,发现有很多条泳带,为什么?
oligo dna的电泳一定要使用变性page电泳。oligo dna是单链dna,容易形成复杂的立体结构,因此进行agarose电泳时,容易出现多条泳带 (更无法用agarose电泳进行定量了)。
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q:进行page电泳时,长度完全一样的oligo dna为什么泳带不在同一位置?
a、g、c、t的组份不同,电泳速度不同;
dna的立体结构不同,电泳速度不同。 这种情况在oligo dna越短时越容易发生,长链oligo dna之间差别越小。
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q:能否根据电泳带的亮度对合成的dna/rna制品进行定量?
不能。因为etbr是通过嵌入到核酸的双螺旋间而使其着色的。合成的dna/rna分子为单链,只有通过自身回折形成局部发夹环结构或链间形成部分双螺旋结构,才能被etbr染色。由于不同制品的序列不同,形成双螺旋的能力不同,因此染色能力不尽相同,也就不能根据etbr染色带的亮度来对合成的dna/rna进行定量。
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q:为什么引物不能退火之后跑胶验证纯度?
两条引物退火成功率达不到百分之百,里面会存在单链引物,引物退火后跑胶有杂链很正常,不能以此来判断单链引物纯度。
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q:引物片段退火后不能连接到载体上是什么原因?
连接反应的引物如果没有5’磷酸基团,连接效率相对较低,但不是完全不能成功。如果磷酸化的产物还不能连接载体上,需要检查载体的酶切效果以及核对引物的设计方案,如果都没有问题就要考虑改善引物退火的条件以及连接反应体系。
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q:pcr产物经克隆后测序发现,引物处的碱基有错误,怎么办?
因为引物纯度不可能是100%,因此,挑选克隆时,有可能挑选了杂质引物扩增出的pcr产物的克隆。此时,请重新挑选一个克隆测序,会得到正确的结果。
如果挑选2~3个克隆测序情况还没改观,我们会免费重新合成引物。
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q:怎样才能保证oligo dna的正确性?
合成oligo dna时,尽量选用高纯度级制品。
避免使用过长的oligo dna,最好选用小于35 mer的合成dna制品。
进行克隆实验时,每次克隆都须进行测序验证,以保证序列的正确性,然后再进行进一步实验。进行蛋白表达实验时,尤其需要注意。
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q:平端的pcr产物难以克隆,为什么?
由于一般的pcr用引物的5′ 末端都没有磷酸基团,因此,扩增后的pcr产物的5′ 末端也没有磷酸基团。当克隆于去磷酸化的末端平滑载体时,无法克隆进去;而当克隆于非去磷酸化的末端平滑载体时,背景会极高。此时请对pcr产物的5′ 端进行磷酸 (po4修饰) 化处理。
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q:合成的引物进行pcr反应时无目的带,怎么办?
pcr反应失败的原因很多,可以从以下几个方面考虑。
1. 引物和模板是否配对,同源性有多大?
2. 引物本身是否有立体结构,或者二条引物之间是否形成高次结构?
3. pcr反应用试剂是否能正常工作?
4. pcr仪是否工作正常?
5. pcr反应条件是否合适?
如果一切正常,还无法解决问题时,我们可以免费重新合成引物。如果重新合成的引物也无法解决问题时,请把引物和模板寄送给我们公司,我们可以帮助摸索pcr反应条件。
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q:pcr扩增不出是引物有问题吗?
基本不是。当今发展出各色各样的pcr扩增技术,各色各样的高温聚合酶,就是来解决pcr扩增中遇到的扩不出,扩增效率低的问题。如槽式pcr就是扩增那些拷贝数很低的基因片段。 有些重复片段的扩增, gc含量高的片段,非要采用特殊扩增手段才能扩增出了。
引物扩增不出,主要是下列两种情况比较常见:
rt-pcr。请注意,很多基因通过常规rt–pcr方法是很难不增出来的。 rt- pcr成功的关键在于rt的反应的rna质量和目标基因在特定组织和细胞中含量。
从基因组中扩增。一般情况下,基因在基因组中都是单拷贝,基因组作为模板需要严格控制用量。基因组dna过高,会影响反应体系中的mg和ph。