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代谢组是指生物体内源性代谢物质的动态整体，包括核酸、蛋白质、脂类生物大分子以及其他小分子代谢物，目前主要是检测1000da以下的物质。

标准品，是指国家药品标准中用于鉴别、检查、含量测定、杂质和有关物质检查等标准物质；一般用于靶向代谢组学的鉴定物质及物质定量。

美国化学会的下设组织chemical abstracts service（cas）为每一种出现在文献中的物质分配一个cas编号，这是为了避免化学物质有多种名称的麻烦，使数据库的检索更为方便。其缩写cas在生物化学上便成为物质唯一识别码的代称，相当于每一种化学物质都拥有了自己的“学号”。

部分物质相同的名称可能代表不同的物质（比如同分异构体），同一物质可能有多种名称，因此为了避免误差，需要提供cas号。

常见的物质查询网址如下：

您也可以在百度百科，360等网站搜索获取物质信息。

非靶向代谢组学：普筛或者盲筛，目的在于筛选出两组样本间的差异代谢物；

靶向代谢组学：已经有关注的物质，只检测少量样本中关注物质的含量；

高通量靶向/广泛靶向代谢组：基于公司自建数据库，检测一类或几类关注物质的含量，由于每个公司数据库不一样，能检测到物质也不一样，各公司的定价也不一样。

植物激素是指植物体内产生的一些微量而能调节（促进、抑制）自身生理过程的有机化合物。已知植物体内产生的激素有六大类，即生长素、赤霉素、细胞分裂素、脱落酸、乙烯和油菜素甾醇。

由于赤霉素在植物体内含量极低，因此前处理方法比较复杂，一般不与生长素等一同检测，价格一般也更高。

内标法（internal standard method）是将一定重量的纯物质作为内标物（参见内标物条）加到一定量的被分析样品混合物中，然后对含有内标物的样品进行色谱分析，分别测定内标物和待测组分的峰面积（或峰高）及相对校正因子，按公式即可求出被测组分在样品中的百分含量。

外标法是与内标法相对，指按梯度添加一定量的标准品（对照品）于空白溶剂中制成对照样品，与未知试样平行地进行样品处理并检测。不同浓度的标准品进样，以峰面积为值绘制成标准曲线，从而推算出未知试样中被测组分浓度的定量方法。

不能，不同时间仪器状态不同，会有批次效应

vip，即variable importance in the projection。物质的vip越大，那么这个物质对样本之间能在（o）pls-da图中主成分1上分开的贡献就越大，vip既考察物质本身的变化，也考察该物质在整体数据里所占的比重，变化与比重越大，vip越大。

基峰图（base peak chromatogram，bpc）：是将每个时间点质谱图中最强的离子的强度连续描绘得到的图谱。

总离子流图（tic）：在选定的质量范围内，所有离子强度的总和对时间或扫描次数所作的图。

tic和bpc都是对于样品整体信息的反映，一般情况下bpc图比tic图要漂亮，所以文章里面很多时候会用到bpc图。但是有的学者认为bpc图不是样品真实的反映，所以不接受bpc，只接受tic。

由于不同物质具有不同的分子结构和性质基团，故不同物质在质谱的离子化效率、信号响应强度等参数都不尽相同，最后的结果是不同物质的质谱检测效率差别很大。因此比较代谢组学的定量结果，仅适用于同一物质在不同状态（实验/对照）间的比较，而不是不同物质在同一实验状态下的比较。

opls-da比pls-da多了一个正交换算，把与模型分类不相干的信号过滤掉，因此opls-da解释能力更强。比如组间差异比较小，组内差异比较大时，用pls-da的vip筛选出的可能是组内差异变量，容易误导，而opls-da则优于pls-da，可更准确地筛选出组间差异。